Persona 3 nhận được nhiều đánh giá tích cực kể từ khi phát hành, Metacritic đã đánh giá trò chơi là 86. Shane Bettenhausen tại 1UP.com đã gọi trò chơi là "Mang đến khái niệm mới mẻ cho MegaTen (Megami Tensei)" cũng như "Trò chơi nhập vai PS2 hay nhất xuất hiện trong năm nay". Đánh giá hệ thống chiến đấu của trò chơi là "tuyệt vời" và khi trí tuệ nhân tạo điều khiển các thành viên trong nhóm anh cảm thấy "Đây là hệ thống chiến đấu nhanh và năng động nhất từ trước đến nay của dòng trò chơi này.". Eric Patterson tại tạp chí Play cũng chia sẻ cảm giác đó và nói các nhân vật "Rất thông minh" trong trận chiến và nhận xét "Nó củng cố ý tưởng các nhân vật không chỉ những cái bóng như các trò chơi khác mà là những nhân vật trong thế giới thực". Tuy nhiên Jeff Haynes tại IGN thì nói không thích hệ thống này vì nó dễ làm cho nhân vật chính đo ván và game over.

GameTrailers đã đánh giá trò chơi là 9,0 điểm với nhận xét "Chủ đề siêu nhiên tinh tế hiếm gặp" và nói rằng đây không phải là trò chơi mà những người đam mê thể loại nhập vai có thể bỏ lỡ. Patrick Joynt tại GameSpy đã khen yếu tố xã hội của Persona 3 và gọi các liên kết xã hội là "hầu như lôi cuốn". Trong khi ông nghi ngờ việc các yếu tố mô phỏng xã hội sẽ trở thành "Rào cản lớn" cho những người hâm mộ dòng Megami Tensei và cũng nói rằng "Không thể diễn tả hết trò chơi hay như thế nào". Heidi Kemps tại GamesRadar thì thấy chủ đề tuổi teen của trò chơi là "Một sự đổi mới" khi so sánh với các trò chơi khác và chủ đề của trò chơi đã chạm tới "Sự ngại ngùng trong xã hội là một phần của cuộc sống thường nhật". Patterson đã khen Atlus vì đã làm trò chơi "Hết sức thú vị" cũng như nói về việc "Cuộc sống bình thường của một học sinh trung học điển hình Nhật Bản" nên như thế. Jonathan Hunt tại G4 thì nói cấu trúc ngày qua ngày của Persona 3 giống như sự "Ban phúc và nguyền rủa" với việc "Chờ đợi các câu chuyên tiếp diễn hằng ngày với các nhân vật mới luôn xuất hiện" thì việc "Chui vào một ngục tối duy nhất hằng ngày... không phải lúc nào cũng hấp dẫn". Joe Juba tại Game Informer cũng đồng quan điểm khi nói rằng việc thiết kế môi trường của trò chơi khá yếu ớt với nhận xét "Hầu hết trò chơi diễn ra tại một khu vực (tháp Tartarus)". Ông nói rằng người mới chơi nếu chưa thử qua Megami Tensei sẽ gặp khó khăn khi tham gia trò chơi này với nhận xét "Nếu bạn không biết bất cứ điều gì về việc kết hợp các Persona hay từ bufu có nghĩa là băng thì bạn sẽ phải tìm hiểu nhiều.".

Persona 3: FES đã được Metacritic đánh giá là 89 điểm cao hơn Persona 3 một chút. Shane Bettenhausen nhận xét phần The Answer đã "Cung cấp phần kết cần thiết" cho phần The Journey. Kevin VanOrd đã gọi FES là "Phiên bản mở rộng tuyệt vời cho một trò chơi nhập vai vốn đã rất hay" trong phần nhận xét của mình ông cũng nói những người mới chơi cũng như đã chơi qua bản gốc không nên bỏ qua bản này. Tuy nhiên phần mở rộng The Answer bị than phiền là không có yếu tố mô phỏng xã hội như phần The Journey gốc, VanOrd thấy rằng phần mới này ít hấp dẫn hơn phần gốc vì lý do đó. Jeff Haynes nhận xét ​​rằng phần mở rộng mới "Như một sự trở lại với phong cách trò chơi nhập vai cổ điển với việc chỉ chiến đấu và cày cấp độ" trong khi nhận xét phần đầu là "Phần đầu của Persona 3 hấp dẫn hơn nhiều". GameSpy và IGN thì nhận xét tiếp các vấn đề đã thấy trong phiên bản đầu như không có khả năng điều khiển trực tiếp các thành viên bên trong trận chiến.

Persona 3 Portable thì nhận được các ý kiến khác nhau nhưng phiên bản này được xem là phiên bản tốt nhất của Persona 3. Tại IGN thì một số đánh giá nói "Trò chơi đã đánh mất một số cái hay của mình", còn tại Metacritic thì trò chơi được đánh giá là 91 trên 100 điểm khi phát hành và đứng hàng thứ hai trong các trò chơi PSP hay nhất tại trang web này khi đó. Persona 3 Portable nhận được nhiều đánh giá tích cực, GamesRadar, IGN, 1UP.com và GamePro đã đánh giá mặc dù mặc dù đã phát hành hai lần trước đó phiên bản mở rộng này vẫn có giá trị chơi lại cao khi có thêm cốt truyện cho nữ nhân vật chính mới. Tạp chí Famitsū đã đánh giá trò chơi là 32/40 và nhận xét "Các khác biệt trong các liên kết xã hội khiến nó trở nên hấp dẫn ngay cả với người chơi cũ", Destructoid và GamePro đã đánh giá trò chơi với số điểm tuyệt đối. Tại GameTrailers trò chơi đứng thứ hai trong danh hiệu Trò chơi PSP hay nhất sau God of War: Ghost of Sparta và cũng đứng thứ hai trong danh hiệu Trò chơi nhập vai hay nhất sau Mass Effect 2. Ba trang web chuyên về trò chơi nhập vai đã trao các danh hiệu cho trò chơi là RPGamer với danh hiệu Phiên bản hay nhất, RPGFan với danh hiệu Trò chơi nhập vai hay nhất trên hệ máy cầm tay và RPGLand với danh hiệu Trò chơi hay nhất của hệ máy.

Shane Bettenhausen bình luận về cách sử dụng các Evoker là "Rất táo tợn và gây sốc" khi đang nói về Atlus, nhưng khi xét về tổng thể thì "Nó tạo ra các cảm giác rất phù hợp với các không gian đen tối của trò chơi". Tương tự, Joe Juba cũng nghĩ rằng cách sử dụng các Evoker là "Thích hợp với không gian đen tối" một cách "hoàn hảo". Jeff Haynes bình luận về hình ảnh các nhân vật khi sử dụng Evoker là "Hấp dẫn và gây sốc cùng lúc". Kevin VanOrd tại GameSpot đã nhận xét là "Không bao giờ chán và nó không bao giờ bớt thú vị và khi xét đến việc bạn có thể chơi trong suốt năm, sáu, bảy, tám mươi giờ hoặc nhiều hơn, đó thực sự nói lên việc gì đó.". Atlus đã không bỏ yếu tố Evoker ra khỏi trò chơi khi phát hành trò chơi ra quốc tế dù có các tranh cãi. Nich Maragos tại 1UP.com nói Atlus không hề nhận được bất kỳ một lời góp ý trực tiếp nào cả.

Persona 3 đã được gọi là trò chơi nhập vai hay nhất trên Famitsū năm 2006, trên GameSpot và RPGFan năm 2007. GameSpy đã trao danh hiệu Trò chơi nhập vai trên hệ PS2 của năm và xếp trò chơi ở vị trí thứ hai trong bảng 10 trò chơi hay nhất của năm 2007. IGN đã xếp Persona 3 ở vị trí thứ 15 trong bảng 25 trò chơi PS2 hay nhất mọi thời đại. 1UP.com đã gọi trò chơi là "Trò chơi có tài gây tranh cãi nhưng lại chẳng có tranh cãi nào" năm 2007. RPGamer đã xếp trò chơi ở vị trí thứ nhất trong danh sách "Trò chơi nhập vai hàng đầu của thập kỷ" và hạng nhì tại RPGFan trong bảng "20 trò chơi nhập vai hàng đầu của thập kỷ trước".